在连续测试过程中，我最后确定问题出在linux的spi控制上，在打开spi进行单次通信后，cs片选没有复位，导致后续发送的消息均无法触发STM32的片选中断。
为了解决这个问题，我引入了bcm2835这个库，在发送SPI时进行手动的片选信号控制，使得中断正常运行。

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    bcm2835_init();
    bcm2835_gpio_fsel(spi_pin[0], BCM2835_GPIO_FSEL_OUTP);
    bcm2835_gpio_fsel(spi_pin[1], BCM2835_GPIO_FSEL_OUTP);
    bcm2835_gpio_write(spi_pin[0], HIGH);
    bcm2835_gpio_write(spi_pin[1], HIGH);
    ...
    // bcm2835_gpio_write(spi_pin[i], LOW);
    transfer(m_spi_fd[i], tx, rx, sizeof(spine_cmd_t));
    bcm2835_gpio_write(spi_pin[i], HIGH);

不过在测试过程中发现，STM32从机接收的数据均有一个字节的位移，使得从机接收的数据错误。但是主机收到的数据是没有问题的，这个部分还需要进一步分析。

PS：MIT设计的这个硬件架构真的是恶心，我后续还是考虑通过MINI PCIE转CAN的方式进行控制吧。在linux上可以直接使用socketcan来通信和控制，直接化简了SPIne的部分，感觉会省事很多。